Zřízení školy v Šilheřovicích spadá do poloviny 17. století. Přesné datum ani zakladatel školy nejsou známy. První písemně doložený učitel v Šilheřovicích je Mathias Slanina, připomínaný roku 1662. První jednotřídní budova školy v Šilheřovicích byla dřevěná. V roce 1823 byla nahrazena novou, masivnější budovou pod kostelem, v místech dnešního odborného učiliště, která sloužila svému účelu do roku 1846.
V roce 1847 byla v Šilheřovicích vybudována nová jednoposchoďová školní budova, a to na hlavní ulici v místech, kde se nyní odbočuje k budově Obecního úřadu. Bylo zde 7 místností, které zahrnovaly i byt pro učitele a byt pro kostelníka. Škola tehdy nesla název Katolická obecná škola v Šilheřovicích a jejím patronem byl baron Rothschild.
Vyučování ve škole bylo vedeno až do roku 1853 v moravském jazyce, tj. v mateřské řeči dětí. O změnu se postarala baronka Charlotta Rotschildová. Z jejího popudu bylo zahájeno i vyučování němčiny a také ručních prací. Po roce 1871 se už ve škole vyučovaly všechny předměty v němčině, jen v nižších třídách bylo dovoleno vyučovat moravsky náboženství.
V roce 1891 byla za účelem navýšení kapacity školní budova přestavěna. Vzhledem k narůstajícímu počtu žáků však byly časem i tyto prostory nedostačující, a proto se v roce 1905 započalo se stavbou další školní budovy. Ve školním roce 1906/1907 výuka probíhala již ve dvou budovách.
První světovou válkou bylo citelně poznamenáno i šilheřovické školství. Výuku zajišťovali jen dva učitelé, poněvadž ostatní byli povoláni do vojenské služby. V roce 1918, po rozpadu Rakouska-Uherska, vzniká Československá republika, jíž se roku 1920 stalo Hlučínsko součástí. Nastává tedy nová éra školství, tzv. prvorepublikového, a na hlučínských školách byl zaveden český jazyk jako vyučovací.
V roce 1929 byla pětitřídní Obecná škola v Šilheřovicích zestátněna. Roku 1930 byla v Hati zřízena měšťanská škola, do níž docházely i děti z Šilheřovic. Počátek 30. let se i zde nesl v duchu bídy a chudoby, které s sebou přinesla světová hospodářská krize.
V roce 1934 zakoupilo Ministerstvo veřejných prací od Anselmovy nadace její budovu pro umístění zdejší obecné školy. Tato budova byla následně podle potřeb školy přestavěna a slavnostně otevřena v listopadu 1935. Do ní pak byla přemístěna také mateřská škola, která vznikla v roce 1928 a doposud využívala prostor bývalého hostince pana Křikaly.
Konec 30. let se nesl v duchu politického napětí souvisejícího s konferencí v Mnichově, vznikem tzv. druhé republiky a potažmo Protektorátu Čechy a Morava. V září 1939 vypukla druhá světová válka a trvala až do roku 1945. Šilheřovické školství, už tak silně poznamenané nacistickou ideologií a germanizací, tyto události citelně zasáhly. Rovněž budova školy byla velmi poškozena a vyrabována, protože ke konci války sloužila výhradně k vojenským účelům.
Za pomoci mnohých rodičů se podařilo uvést školní budovu do takového stavu, aby v ní mohlo být 3. září 1945 zahájeno vyučování. Dne 2. září 1946 byla obnovena i mateřská škola, a to v budově obecné školy.
Výraznou změnou v historii školy byl v únoru 1948 nástup komunistů k moci. Obecná škola v Šilheřovicích se přejmenovala na Národní školu v Šilheřovicích. Vzhledem k nastolenému režimu došlo ke zpolitizování školy a proběhla i personální obměna učitelského sboru. Pohromou pro tradičně silně religiózní Hlučíňany bylo omezování výuky náboženství a tlak na rodiče, aby děti do náboženství nechodily.
Na prahu 60. let se z osmileté školní docházky stává devítiletá a název školy je změněn na Základní devítiletá škola Šilheřovice. Docházelo také k modernizacím obou budov. V roce 1965 se výuka rozděluje na 1. a 2. stupeň. První stupeň (1. - 5. třída) se vyučoval stále v budově bývalého Anselmova ústavu a druhý stupeň (6. – 9. třída) se nastěhoval do nových prostor na ulici Kostelní č. 230. Toto rozložení budov je dodnes. Významnou roli sehrávala také školní družina mládeže. Bouřlivý rok 1968 se odrazil i v životě zdejší školy. Její další vývoj byl po vpádu vojsk Varšavské smlouvy do Československa ovlivněn nástupem tuhé normalizace poměrů.
Ve školním roce 1989/1990 došlo v důsledku politických změn ve společnosti a s pádem komunistického režimu také k přeměnám ve školství a ve vedení mnohých škol. Tyto změny pochopitelně měly dopad také na Základní školu v Šilheřovicích. Ta se pozvolna začala utvářet do podoby, v jaké je dnes. Byla založena školní rada, zahájena spolupráce s polskou družební školou v Chalupkách, vznikla také Unie rodičů, která vyvíjela rozsáhlou aktivitu ve prospěch mimoškolní činnosti dětí apod. Stavebními úpravami prošly rovněž obě školní budovy a změnu zaznamenalo i okolí školy. Postavena byla nová tělocvična. Také technické vybavení školy se postupně modernizovalo a přizpůsobovalo požadavkům současné doby.